1990年、桜海（おうみ）高等学校の校内でコックリさんを行った3人の女子生徒のうち、一人が行方不明になるという事件が発生。
警察を動員しての捜査にもかかわらず、ついにその生徒は発見されなかった。
そして事件後誰ともなく、生徒が消えたのはコックリさんを行ったことによる神隠しではないかという噂が広まっていった。
この通称「神隠し事件」はその後、未解決事件として桜海高校で代々語り継がれる怪談話となっていった・・・。
それから時代が過ぎ、桜海高校２年生のゆづきはある日、怪談好きの友人であるアヤから、コックリさんに使用されていた五十音表と
十円玉が資料室に処分されることなく保管されているという話を聞く。
気が乗らないゆづきだったが、アヤに半ば強引に誘われる形で、二人は放課後こっそり資料室に忍びこむ。
そして噂通り、資料室の引き出しの中から、件の五十音表と十円玉を見つける。
アヤが面白半分に五十音表の上で十円玉を動かすと、突如あたりが暗くなる。
気がつくとゆづきは薄暗い資料室にいた。そしてアヤがいない。
「アヤ、どこなの？」
ゆづきの呼びかけに、しかし誰の返答もない。
慌てて廊下に出ると、そこは薄暗い校内だった。
何が起きたのか全くわからないゆづきはアヤを探すために、暗い不気味な校内を奔走することになる。
やがてゆづきはかつて桜海高校で起きた神隠し事件の真相に迫っていく事になる・・・。
＜コックリさん＞
かつて流行した降霊術。行った子供たちがヒステリー等の症状を次々に訴えたことで、学校側から禁止処分が出るほどの社会現象を引き起こした。海外の「テーブルターニング」が元ネタとされており、類似するものに「ウィジャボード」等がある。現代の解釈ではオートマティスムという筋肉の痙攣、及び自己暗示による催眠状態が原因とされている。
＜五十音表と十円玉＞
コックリさんを行うための道具。降霊術という特性上、しっかりとした形式に従って行う必要があり、終了の手順を踏むまではやめてはならないとされる。コックリさんに使用した五十音表と十円玉は早めに処分または使用する必要がある。
＜桜海高等学校＞
ゆづき達が通う公立高校。春になると桜が校庭に舞い落ち、まるで「桜の海のように」見えることから校舎改築の際に現在の名前に改められる。数十年前に一人の生徒が失踪しており、それにまつわる様々な噂が存在する。詳細は後述の神隠し事件を参照。
＜メリーさん＞
桜海高校に出現するという正体不明の存在。夜中に電話がかかってくることがあり、それに出るとメリーさんが現れるという。一説には少女の霊とされているが、詳細は不明。
＜神隠し事件＞
1990年に発生した生徒不明事件の俗称。該当の生徒が失踪直前にコックリさんを行っていたことから、原因はコックリさんによる神隠しではないかということからこう呼ばれている。桜海高校に代々伝わる怪事件であり、興味本位で当時の文献や資料を漁る者が多いという。ゆづきの友人であるアヤも、この事件について様々な仮説を立てているが、どれも信憑性が低い。